Eglises et monastères n’ont plus de quoi subsister
Les XIIIème et XIVème furent une longue période de prospérité au cours de laquelle le temporel de l’abbaye s’est accru de manière importante.
L’abbaye de Saint-Amand eut sous sa juridiction jusqu’à dix-neuf prieurés.
Au milieu du XIIIème siècle, le nombre de chanoines était insuffisant pour assurer le service divin dans les nombreuses paroisses dépendant du monastère.
En 1263, le pape Urbain IV accordait quatre nouveaux clercs.
Cette période de prospérité ne fut pas pour autant une période de calme.
L’abbaye eut à se défendre contre les déprédations commises par les grands féodaux. Elle dut se placer à plusieurs reprises sous la protection du roi de France et de ses sénéchaux.
En octobre 1304, l’abbaye reçut Bertrand de Goth, archevêque de Bordeaux qui devint peu après le pape Clément V qui transféra le Saint-Siège à Avignon. Son successeur Jean XXII créa le nouvel évêché de Sarlat qui engloba les monastères de Terrasson et de Saint-Amand. En 1381, la construction d’un hôpital pour les pauvres fut commencée (photo à droite, sous sa forme restaurée au XVIIIème)
La guerre de cent ans (1337-1453), longue et confuse guerre féodale, ravagea le Périgord qui eut le rôle douloureux de pays frontière.
Les principaux épisodes périgourdins de cette lutte furent, dans les débuts, la prise de Bergerac par les Anglais (1345) suivie dans la même année de la victoire française d’Auberoche.
Après le traité de Brétigny (1360), le Périgord retomba à nouveau entre les mains des anglais.
Enfin c’est en Périgord, qu’eut lieu la grande victoire de Lamothe-Montravel, dite de Castillon (1453) qui consacra l’expulsion des Anglais du sol français.
L’abbaye de Saint-Amand de Coly ne fut pas épargnée des dommages de la guerre.
C’est vraisemblablement à l’annonce de la guerre de cent ans que les systèmes de défense de l’abbaye furent mis en place ou renforcés. En 1377, les Anglais surprennent les forteresses de Saint-Geniès et du mont-Coly d’où ils ne partiront qu’à prix d’argent; pour y revenir à l’occasion. Ainsi en 1411 Pierre de Fleury ,capitaine de Montignac, les chassait à nouveau et remettait le fort de Coly à l’abbé de Saint-Amand, Hélie de Girmond, à charge de réparer les fortifications du monastère et du château et d’en assurer la garde.
A la fin de la guerre de cent ans le pays est ravagé, églises et monastères n’ont plus de quoi subsister.
En 1449, Saint-Amand est à moitié démoli, le cloître est détruit, de larges brèches s’ouvrent dans les fortifications. Il ne reste plus qu’un moine, le culte divin a cessé, les revenus sont nuls.
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