Les cicatrices
Les abbés de la famille Bonald qui se succédèrent de 1449 à 1504 ne relèveront qu’une partie des ruines de l’abbaye mais reconstitueront l’essentiel de son temporel.
Le concordat de 1516 établi entre François 1er et le pape Léon X mis fin au droit d’élection de l’abbé, le roi disposant du droit de nomination et le pape celui d’institution. On abusa très vite de la “commende” laissée à la discrétion de la couronne. Beaucoup de nominations relevèrent davantage de la faveur royale que du mérite.
Victime de cette pratique, Saint-Amand ne devait pas s’en relever. Ses abbés, cadets de maisons seigneuriales considéraient “leur abbaye” comme un bien familial que l’on transmettait d’oncle à neveu.
Les religieux s’opposèrent parfois aux abbés ainsi nommés.
Ainsi, en 1510, les religieux refusèrent de remettre les archives de l’abbaye à l’abbé Bertrand Chapt de Rastignac et dissimulèrent malicieusement l’essentiel des biens mobiliers de l’abbaye; à cause de cela, l’abbé ne put recevoir sa mense abbatiale. En 1514, le cardinal Amanieu d’Albret, après avoir eu l’abbaye de Brantôme et celle de Terrasson, obtint la commende Saint-Amand.
Il résidait principalement au château de Montignac y menant une vie dissolue. Sous son abbatiat, les bâtiments de l’abbaye furent abandonnés à leur triste état; les ressources étant emportées dans le tourbillon de luxure qui contaminait même la vie monastique de Saint-Amand.
Aux conséquences perverses de la commende, s’ajoutèrent les outrages des guerres de religion.
En 1575, un chef huguenot, Jean de Cugnac, investit l’abbaye et la livra au pillage de ses hommes.
Ni le sénéchal de Bourdeille à la tête de la milice urbaine de Périgueux, ni Henri de Noailles, neveu de l’abbé, venu avec ses hommes au secours de l’abbaye ne purent déloger les hommes retranchés dans l’enceinte de l’abbaye.
Henri de Noailles dut aller quérir des canons à Brive dont les boulets sont responsables de bien des brèches dans les murailles de l’abbaye.
Ces traces de canonnade sont encore visibles dans les murs de le chapelle nord.
Selon André Delmas les dégradations commises par les huguenots n’épargnèrent pas le tombeau de Saint-Amand dont la disparition ne peut remonter qu’à cette date.
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